Kendi imkânlarıyla oluşturduğu çetesiyle Ege ve Marmara bölgelerinde halka zulmeden Rum çetelerine ve eşkıya gruplarına karşı savaşır. Yörük Ali Efe, Dramalı Rıza, Demirci Mehmed Efe, Parti Pehlivan Ağa ve Gâvur Ali gibi yörenin önemli silahlı güçlerini de yanına çekerek sayısı 5 bini bulan gerilla kuvvetine komuta eder. Menderes nehri önünde Yunan ilerleyişini durdurur ve işgal altında olmayan bölgelerde düzeni ve güvenliği sağlar. Yunan Ordusu’yla girdiği onlarca müsademeden galibiyetle çıkarak milletin kurtuluş umutlarını yeşertir. İsyanları bastırmayan Ankara Hükümeti aciz kalarak kendisinden yardım isteği üzerine 1. ve 2. Anzavur isyanları ile Bolu, Düzce ve Gerede isyanlarını bastırır. Ankara üzerine yürüyen Kuva-yı İnzibatiye kuvvetlerini yenilgiye uğratarak İstanbul kapılarına kadar kovalar. İsmet İnönü’nün ısrarları sonucu kuvvetlerinin bir kısmını alarak Ankara’ya gelir. Ankara tren garında bizzat M. Kamal tarafından törenlerle karşılanır ve ricası üzerine Meclis’te kısa bir konuşma yapar. Konuşması mebuslar tarafından sık sık “Milli Kahraman” ve “Milletin Kurtuluş Umudu” nidaları ve alkışlarla kesilir. Genelkurmay karargâhı olarak kullanılan Ziraat Mektebi’nde M. Kamal, İsmet ve Fevzi (Çakmak) ile bir toplantı yapar ve deyim yerindeyse onları küçük birer çocuk gibi azarlar. Kaman’dan Tokat’a kadar yayılan isyanı kanlı çarpışmaların sonunda bastırır. İsyanda ihmali olduğunu düşündüğü Ankara Valisi Yahya Galip Bey’in yargılanmak üzere Yozgat’a gönderilmesini Ankara Hükümeti’nden ister. M. Kamal, valiyi görevden alır ancak Yozgat’a göndermemek için elinden geleni yapar. Bunun üzerine Ethem Bey, bir telgraf çeker. “Hakikat ve adalet üzerine bina etmek iddiasıyla kurmaya çalıştığınız yeni düzen daha şimdiden iltimas ve adam kayırıcılık yaparak büyük bir yara almıştır” mealindeki bu telgraf ile bazı şahısların düşmanlığını üzerine çeker. Bunun üzerine Ethem Bey’in yakın silah arkadaşları silahsızlandırılıp itibarsızlaştırılır. Askerî gücü kırılmaya çalışılır. Eskişehir’de çıkardığı gazetenin matbaasına hileyle el konulur. Sovyetlerin desteğini almak için kurulan mensubu olduğu Yeşil Ordu Cemiyeti kapatılır. Bu arada sağlığı bozulduğu için tedavi olmak üzere Ankara’ya gelir. Buradan İstanbul Hükümeti’nin temsilcileriyle görüşmelere katılması için kendisiyle birlikte Bilecik’e gelmesi hususunda ısrar eden M.Kamal’ı kırmaz hatta sedyeyle trene bindirilir. Tren Eskişehir’de mola verdiğinde Bilecik’te Topal Osman ve adamları tarafından suikasta uğrayacağı istihbaratını alır. Bu nedenle korumalarla Kütahya’daki karargâhına geçer. Ancak bu durum isyan olarak değerlendirilecektir. Üzerine bir ordu gönderildiğini haber alan Ethem Bey, Meclis’e “Millet fakr u sefalet içinde türlü fedakârlıklarla bir hürriyet savaşı verirken, sizler maaşlarınızı arttırmaktan başka ne yaptınız?” mealinde sert bir telgraf çeker. Telgrafı kürsüden okuyan M. Kamal, “Bu zat ve biraderlerinin ihanet içinde olduklarını reylerinize sunuyorum” mealinde bir konuşma yaparak oylama ister. Ethem Bey ve ağabeyleri 2 oy farkla “Hain” ilan edilirler. Üzerine üç koldan saldırı başlatılan Kuva-i Milliye Kahramanı Ethem Bey, o andan itibaren Çerkez Ethem olarak anılmaya başlanır.