5. Yüksek Askeri Şura’nın (YAŞ) yapısı değişmiştir. Cumhurbaşkanı Yardımcısı, Adalet Bakanı, Dışişleri Bakanı ve İçişleri Bakanı da YAŞ üyesi olmuştur. Daha önce Başbakan başkanlığında toplanan YAŞ’a sivil olarak sadece Milli Savunma Bakanı katılıyordu. Şimdi ise Cumhurbaşkanı yardımcısının yanı sıra 3 bakan daha eklenmiş oldu. Şûra’nın sekretarya işlemleri ise Genelkurmay Başkanlığından alınarak MSB’ye devredildi. YAŞ ve atama kararları, ordunun eskiden beri gelen teamül ve geleneklerinden ziyade sivil toplum esaslarına göre yapılması sağlanmıştır. 6. Harp Akademileri, askeri liseler ve astsubay hazırlama okulları kapatıldı. KHK Askeri okullarda okuyan öğrencilerin durumu hakkında da çeşitli düzenlemeler yapıldı. Buna göre, harp okulları, fakülte ve yüksekokullar ile jandarma dahil astsubay meslek yüksekokullarında öğrenimine devam eden öğrenciler, Yükseköğretim Kurulu’nca üniversite sınavının yapıldığı tarihte aldıkları yerleştirme puanları dikkate alınarak durumlarına uygun fakülte ve yüksekokullara naklen kaydedildiler. 7. TSK’daki orgeneral ve oramiral sayısının 15’ten 7’ye düşürüldü. Son olarak Suriye sınırında görevli birliklere komuta eden bazı generallerin emeklilik talebinde bulunmaları önemlidir. Yeni bir Torumtay faciası yaşanmaması adına disiplin kurallarına azami itaat edilmesi istenmektedir. Generallerden bir tanesi “Göreve karşı tepki olmaz. Sonuçta biz askeriz. Bu görevlerde kendimizi ispatlamışızdır. Sanki terörle mücadeleden kaçıyormuşuz gibi bir izlenim vermek yanlıştır” diyerek emeklilik talebinin sınır ve savaş ortamıyla ilgili olmadığını vurgulamış oldu. 8. Son YAŞ toplantısından sonra TSK’daki orgeneral ve oramiral sayısının 15’ten 7’ye düşmesi, ileride yapılacak yapılanma ile de alakalı- dır. Süresi dolan orgeneraller emekli olurken, kıdemi uygun olan korgenerallerden hiçbirinin orgeneralliğe terfi ettirilmemesi, yeni yapılanmada orgeneral sayısının azaltılacağını göstermektedir. Orgeneral sayısının önümüzdeki yıllarda 3-4 ile sınırlandırılması, ordu karargahlarının kaldırılması veya sadece planlama-harekât merkezine dönüştürülmesi öngörülmektedir. 9. TSK’nın; komuta kademe sayısı ve bürokrasisi azaltılmış, daha hızlı karar alabilen ve hareket edebilen kolordulara dayandırılması, 1990’larda bir iki sınır tümeni hariç tümenlerin lağvedilerek tugayların çoğaltılmasının bir sonucu olarak, kolorduların tugaylardan oluşan bir yapıya kavuşturulması amaçlanmıştır. TSK’nın, ABD modeli bir yapılanmayla, aktif birliklerin doğrudan kuvvet komutanlıklarına veya yine ABD gibi yeni oluşturulacak kuvvet merkezlerinin komutanlıklarına bağlanabileceği değerlendirilmektedir. 10. Kurmaylık sisteminin değiştirilmesi için çalışma başlatılmıştır. FETÖ darbe girişiminin ardından TSK’da görevli kurmay subayların yüzde 59'u ihraç edilmiştir.. Silahlı kuvvetlerdeki1894 kurmay subaydan 1119'unun ihraç edilmesinin ardından kurmay subaylık sisteminde değişikliğe gidilme zorunluluğu vardı. TSK'daki kurmay subayların yüzde 59'unun silahlı kuvvetlerle bağı kesilirken en fazla ihraç edilen kurmay; Kara Kuvvetleri Komutanlığından oldu. İlişiği kesilen kurmay subayların yüzde 55'i Kara Kuvvetleri Komutanlığı, yüzde 26'sı Hava Kuvvetleri Komutanlığı, yüzde 19'u Deniz Kuvvetleri Komutanlığı mensubuydu. Kara Kuvvetleri Komutanlığındaki 921 kurmay subayın 617'si ihraç edilirken, komutanlıkta ihraç edilen kurmay subay oranı yüzde 67 oldu. Hava Kuvvetleri Komutanlığında ise 545 kurmay subaydan 295'i ihraç edildi. Hava Kuvvetleri Komutanlığındaki kurmay subayların ihraç oranı yüzde 55 olarak belirlendi. Deniz Kuvvetleri Komutanlığında ihraç edilen kurmay subay oranı yüzde 48 oldu. Deniz Kuvvetlerinde görev yapan 428 kurmay subaydan 207'sinin kuvvet komutanlığıyla bağı kesildi. Demek ki FETÖ örgütü Harp Akademilerini ele geçirmişti