31 Mart 1909 olaylarında “Divan-ı Harb-i Örfî” adıyla bilinen sıkıyönetim mahkemesinde idamla yargılanırken de kısaca hayatının her döneminde bilfiil göstermiştir. Bir İslam alimi sıfatıyla hak bildiğini söylemek, İslâm’ın mukadderatıyla ilgili projelerini Sultan’a kabul ettirmek için o dönem Osmanlı bürokrasisi ile de mücadele ettiğini söyleyebiliriz.

Bu mücadelenin sonunda kendisinin, o zamanın Sabetaycıları tarafından, Sultan’ı da etkileyerek bir süreliğine “tımarhaneye” atıldığı da tarihçilerin malumudur. Kapatıldığı hastanenin insaflı doktoru tarafından “Eğer Bediüzzaman’da zerre kadar mecnunluk eseri varsa, dünyada akıllı adam yoktur.” diye rapor verilmiş ve tahliyesi sağlanmıştır.

Osmanlı Devletinin son yıllarında her aydın gibi Bediüzzaman da çareler aramıştır. Sosyal olaylar ve siyasetle ilgilendiği bu döneme kendisi için “Eski Said Dönemi” demiştir. Hayatının sonraki döneminde ise (Bu döneme Yeni Said ismini vermiştir) asıl büyük tehlikenin imansızlıktan geldiğini görerek düşünerek tamamen Kuran ve hadisler üzerine yönelmiştir. Yeni Said döneminde siyasetle hiçbir teması olmamış hatta tek bir gazete dahi okumamıştır.

İşte Osmanlı’nın son yıllarında bu şanlı devletin, düvel-i muazzama (büyük devletler) karşısında başarılı olması için elinden gelen her türlü gayreti gösteriyordu.  Bu nedenle Abdülhamid’in bazı uygulamalarına karşı çıkması gayet doğaldır.

Ne yazık ki günümüzde dahi bazı putsever kişiler bir siyasi partinin başkanını eleştirmeyi dahi suç saymaktadırlar. Aynı kafa yapısı güya dindar görünen bazı kişilerde de vardır. Onlara göre “devleti yönetenler asla eleştirilemezler”. Öncelikle bu kafa yapısından kurtulmaları akıl sağlığı açısından son derece yararlı olacaktır.

Bediüzzaman, devlet idaresi ve hürriyetlerle ilgili yaklaşımını “Meşrutiyet-i Meşru’a” ve “Hürriyet-i Şer’iyye” gibi ifadelerle kavramsallaştırmıştır. Dikkat edileceği gibi bu kavramların sonu yine “şer’î” ile bitmektedir. Bediüzzaman hayatına dikkat edildiği takdirde daima Şeriatı anlamak ve bunu tatbik etmek üzere çalıştığı görülecektir.

Ancak ne yazık ki o dönemdeki bütün ıslahat ve reform çabaları, askerler başta olmak üzere “Osmanlı bürokrasisi” karşısında sönüveriyordu. Abdülhamid ve diğer padişahların etrafını sarmış olan yağcı ve dalkavuk kesimler bu çabaları boşa çıkarıyordu. Bu dönemle ilgili olarak Sabetaycı Paşaların fenalıkları yazılsa ciltlerle kitap doldurulabilir.

Bütün bunlar yetmiyormuş gibi Bediüzzaman gibi cansiperane çalışan bir şahsiyete “Padişahı devirmek isteyen bir adam” yaftası yapıştırılmaya çalışılmaktadır. Bu çirkin iftira; hala ısıtıp ısıtıp servis edilmektedir.

Bedîüzzaman’ın Abdülhamid hakkındaki olumlu sözleri ve yaklaşımları, eleştirilerinden çok fazladır. Meselâ; 1907’de İstanbul’da, Meşrutiyetin ilanından evvel söylediği bir nutkunda, Sultan Abdülhamid’i, “Yaşasın yaraları tedavi etmek fikrinde olan Halife-i Peygamberî” diye vasıflandırmaktadır.

Bir başka makalesinde “Ömrünün zekâtını Ömer bin Abdülaziz gibi sarfet. Ta ki, bi’atın manası gerçekleşsin. Meşrutiyeti kansız kabul ettiğin gibi, Yıldız’ı da mahbûb-ı kulûb eyle. Zebaniler gibi hafiyeler yerine rahmet melekleri olan âlimlerle doldur; Yıldız’ı Dârül-Fünûn gibi yap.” şeklinde hitap etmiştir.

Namık Kemal’in Abdülhamid’i tenkit ettiği Hürriyet kasidesini değerlendirirken “Şu hürriyet perdesi altında müthiş bir istibdâdı taşıyan şu asrın gaddâr yüzüne çarpılmaya layık iken, o tokada müstehak olmayan, gayet mühim bir zatın, (yani Abdülhamid’in)  yanlış olarak yüzüne savrulan kâmilâne şu sözün; ...” diyerek aslında kasidede geçen sözlerin Sultan zamanı değil sonraki gerçek istibdat dönemi için kullanılması gerektiğini ifade etmiştir.

İşin ilginç tarafı Bedîüzzaman, Sultan Abdülhamid’i bir “velî” olarak kabul etmektedir. Ancak onun bu yaklaşımı “Velî dahi olsa Sultan’ın hatâdan hâlî olduğu” anlamına gelmemektedir. O nedenle hak bildiği hususlarda itirazlarını herhangi bir siyasi saikle değil, sırf Allah rızası için dile getirmiştir.