Rauf Bey Meclis’te yalnız değildi. Kurucu yani Birinci Meclis’in Türkiye’nin aleyhine maddelerle dolu ve Sevr anlaşmasının birçok maddede bire bir kopyası olan Lozan metnini kabul etmeyeceği çok açıktı. Bu nedenle Halk Fırkasının kontrolünde ilk seçimler yapıldı. İkinci Meclis büyük ölçüde Lozan’ı kabul edecek milletvekillerinden meydana geliyordu. Fakat Rauf Bey’in seçilmesine kimse engel olamazdı. Nitekim baba ocağı İstanbul’dan İkinci Dönem Milletvekilliğine seçildi ve Meclis İkinci Başkanı oldu. Seçimden dört gün sonra Meclis üyelerinin neredeyse yarısının oylamaya katılmadığı Cumhuriyet ilan edilmişti. Rauf Bey, Cumhuriyetin ilânında acele edildiğini beyan ettikten bir müddet sonra Halk Fırkası’ndan ayrılmış ve 17 Kasım 1924 tarihinde kurulan Terakkiperver Fırkasının 30 milletvekili ile kurucuları arasında yer almıştı. Şeyh Sait İsyanı sonrasında kurulan mahkemeler hızını alamamış Terakkiperver Cumhuriyet Fırkasını irticaya destek verdiği gerekçesiyle 3 Haziran 1925 tarihinde kapatmıştı. Bundan sonra bağımsız kalan Rauf Bey 1926’da Avusturya’ya tedavi için gitmişti. Tedavisi bitince bu seferde Dr. Adnan Adıvar ile eşi Halide Edip Hanım’ın davetini kabul ederek Londra’ya gitti. Ancak yakasını İstiklal mahkemelerinden kurtaramadı. Rauf Bey Londra’da iken, “İzmir Suikastı” meselesi ortaya atıldı. Ali Çetinkaya’nın (Kel Ali) başkanlık ettiği, İzmir İstiklâl Mahkemesi, memlekette olmayan Rauf Bey’i suîkastle bağlantılı olarak suçlu ilân etti. Halit Paşa’nın katili olduğu gibi aynı zamanda Mahkeme Başkanı olan Başkan Çetinkaya, 26 Ağustos 1926 tarihinde Rauf Bey’i on yıl kalebentliğe, medeni haklardan mahrum edilmesine ve mallarının haczine hüküm verdi. Rauf Bey halkın sevgisine mazhar olmuş bir zattı. Bu nedenle suçlamaları hiçbir zaman kabul etmedi. Buna mukabil milletvekilliği sona erdirildi. Rauf Bey, karar temyize kapalı olduğu için 10 yıl yurda dönemedi. İngiltere, Hindistan, Türkistan ve Mısır’da kaldı. “Cumhuriyetin 10. Yıldönümü” münâsebetiyle yayınlanan 26 Ekim 1933 tarihli kanunla aff a uğradıysa da, vatana dönmedi. Nedenini soran yakın dostlarına bunun “sûikast suçuna iştirâki kabul” anlamına geleceğini söyleyerek yurda dönmeyeceğini bildirdi. Fakat bir aile büyüğünün Mısır’a gelerek kendisini ikna etmesiyle 1935’te Türkiye’ye döndü. 3 Aralık 1935 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile emekli aylığına bağlandı. Ayrıca açık bulunan Kastamonu milletvekilliği için, 1939 yılında ara seçiminde aday gösterildi. Ancak Rauf Orbay, 1926 yılında hakkında İstiklâl Mahkemesi tarafından verilen karar değiştirilmedikçe milletvekilliğini kabul etmeyeceğini bildirdi. Bunun üzerine ilgili mahkûmiyet kararı iptal edildi. Ve Kastamonu Milletvekili olarak Meclis’te yerini aldı. Bununla birlikte Rauf Bey, Kazım Karabekir gibi Meclis’te tek parti olan Cumhuriyet Halk Partisi’ne katılmadı. İkinci Dünya Savaşı devam ederken, 17 Şubat 1942’de, hükümetin talebi üzerine 9 Mart 1944 tarihine kadar sürecek olan Londra Büyükelçiliğine atandı. Türkiye’nin İkinci Dünya savaşına girmeyerek büyük bir yıkımdan kurtulmasında emeği büyüktür, vesselam…